واوردت الوكالة البحرينية خبرا قالت فيه ان وزارة الداخلية رأت أنه "لما كان الشيخ قد اكتسب الجنسية البحرينية ولم يحفظ حقوقها وتسبب في الإضرار بالمصالح العليا للبلاد و... وبناء على أحكام قانون الجنسية البحرينية ..المادة العاشرة فقرة (ج) منه ...، أصدر مجلس الوزراء قراراً بالموافقة على إسقاط الجنسية البحرينية عن عيسى أحمد قاسم".
وفي اول رد فعل على قرار النظام البحريني أكد الشيخ علي الكربابادي الباحث الاسلامي البحريني لقناة العالم الاخبارية ان النظام البحريني أسقط الجنسية عن الشيخ عيسى قاسم على اساس المذهب والعرق، مؤكدا ان هذا الاجراء بعيد عن القانون تماما وان اتهامات السلطات للشيخ قاسم كاذبة ولا اساس لها.
من جهته اكد السيد عباس شبر رئيس وحدة الحريات في منظمة سلام البحرينية لقناة العالم، ان الشيخ عيسى قاسم أكبر رمز للبحرين وإسقاط الجنسية عنه تجاوز خطير يتعدى الخطوط الحمر.
هذا ويمتلك اية الله الشيخ عيسى أحمد قاسم أكبر قاعدة شعبية في البلاد وله العديد من المواقف الوطنية، تولى منصب رئيس المجلس الإسلامي العلمائي سابقاً، ويقيم صلاة الجمعة في جامع الإمام الصادق (ع) في الدراز، وله العديد من المشاركات في المحافل الإسلامية المحلية والدولية.