اعتبر تجمع العلماء المسلمین أن "قضیة المسلمین والأحرار الأولى وهی القضیة الفلسطینیة أصبحت فی طیات النسیان"، قال: "بدلا من أن تتوحد قوى الأمة للتوجه نحو تحریر فلسطین بات الاقتتال الداخلی هو الطابع العام للمعارک التی تجری على ساحة العالم العربی".
أضاف: "إن خطر هدم المسجد الأقصى بات خطرا حقیقیا وهناک دعوات من حاخامات وتحریض على القیام بذلک، ما یفرض خطة واضحة للتنبه من هذا الخطر ومنع حدوثه لأن هذا العدو یرید استغلال الانشغال الحاصل فی الوطن العربی والحروب العبثیة لتحریر مخططاته الخبیثة".
ودعا "العلماء المجتمعین الیوم فی المؤتمر الذی دعا إلیه الاتحاد العالمی لعلماء المقاومة، الى ان یضعوا نصب أعینهم ویرکزوا اهتمامهم على الحلول العملیة والخروج من الخطابات الحماسیة والمحسنات اللفظیة، إلى قرارات واضحة تعید إحیاء هذه القضیة وإعطائها حجمها الطبیعی لتکون الأولى فی سلم اهتمامات الأمة".
واعتبر أن "الجماعات التکفیریة هی جزء من المشروع الصهیوأمیرکی وقد استطاعوا إلى الآن إیقاع الأذى البالغ بالمسلمین والإسلام والقضیة الفلسطینیة لذا یجب القضاء على هذه الجماعات لأنها تشکل سدا یقف بین الأمة وتحقیق أمانیها فی الحریة والسیادة والاستقلال".
کذلک، دعا التجمع إلى "وضع حد للخلافات الحاصلة داخل المخیمات الفلسطینیة، خاصة مخیم عین الحلوة، والأخذ على ید کل من یحاول العبث بأمن هذه المخیمات". وطالب الفصائل الفلسطینیة ب"الاجتماع واتخاذ موقف موحد من العابثین بأمن المخیمات وأمن الشعب الفلسطینی".