استنکر تجمع العلماء المسلمین "قرار تصدیق السلطات السعودیة على حکم الإعدام بحق الشیخ نمر باقر النمر"، مشیراً الى ان "هذا القرار یأتی فی سیاق أحداث تتصاعد فی المنطقة وتعبیراً عن المأزق الذی تمر به حکومة السعودیة فی محاولة منها للضغط على إیران وبالتالی فهو حکم سیاسی لا علاقة له بالقانون والعدالة الشرعیة والقانونیة".
ودعا التجمع فی بیان "حکومة السعودیة للتراجع عنه کونه سیؤدی إلى فتنة کبیرة هی بغنى عنها"، سائلاً: "أین هی دول العالم الحر التی خاضت حرباً طاحنة تحت حجة حریة التعبیر على أکثر من بلد عربی ولیس آخرها سوریا من هذا القرار الجائر الذی یعتبر أخطر انتهاک لهذا الحق الذی أقرته شرعة حقوق الإنسان؟".
ثم سأل التجمع "أین هی جمعیات حقوق الإنسان وهیئات المجتمع المدنی محلیاً وإقلیمیاً ودولیاً من هذا الاعتداء الصارخ على کرامة الإنسان وعلى حریة رجل الدین فی التعبیر عن رأیه بکل موضوعیة ومن دون عنف"، محذراً حکومة السعودیة "أنَّ تنفیذها للحکم سیؤدی حتماً إلى فتنة کبیرة فی داخل السعودیة، ما یعنی أنها تساهم فی إدخال البلد فی حرب أهلیة، لأن الشیخ النمر لیس مجرد شخص عادی بل هو عالم ربانی یمثل فئة من سکان السعودیة، جذورها راسخة فی هذا البلد".
وشدد على إن "المغامرات التی یخوضها من استلم زمام الأمور فی السعودیة سواء فی التعنت فی الحرب على سوریا أو الحرب الظالمة على الیمن لیست من مصلحة هذا البلد، لذا لا بد من إجراء تقییم سریع للوضع وإعادة الأمور إلى نصابها وعدم التدخل فی شؤون الدول الأخرى وإنصاف المظلومین من شعبها على اختلاف انتماءاتهم المذهبیة والمناطقیة".