واكد الإمام الخامنئي ان الحوزة العلمية والحكومة الاسلامية لا يفترقان ابدا مؤكدا حاجة الحكومة الاسلامية للحوزة العلمية الجديرة التي تمتلك العلم وتتحرك بابداع وتحدّد وتشخّص الحاجات المعاصرة من أجل نشر المعارف والاحكام الاسلامية في مختلف زوايا وأبعاد الحياة وأعماق المجتمع.
واضاف سماحته ان أحدى الحاجات المهمة للحوزة العلمية في الاوضاع الراهنة هو ووضع مخطط تطوير في الحوزة والتخطيط البعيد المدى والدقيق والمبرمج حسب هذا المخطط التطويري والاهداف المنشودة.
كما اكد قائد الثورة الاسلامية على أهمية موضوع التخطيط في الحوزة العلمية في مختلف القطاعات وخاصة التعليمية والتنفيذية ومجال العمل الحكومي بهدف اسناد وامداد العلاقة مع الحكومة الاسلامية قائلا: ان الحوزة العلمية هي السند لإقامة نظام الحكم الاسلامي ولذلك اذا قامت الحكومة الاسلامية بتنفيذ الحكم الاسلامي بشكل جيد فيجب على الحوزة العلمية ان تدعم ذلك بكل قوتها واذا اخطأت الحكومة على الحوزة ان تذكّرها بذلك.
كما شدد سماحته على ضرورة ان يكون البرنامج الحوزوي الطويل الأمد يرتكز على مشروع تطوير الحوزة مضيفا: يجب ايجاد مركز دراسات استراتيجية يتشكل من النخب والشخصيات الحوزوية الذكية ليتم تدوين برنامج التطوير وباقي البرامج الاستراتيجية للحوزة في هذا المركز.(۹۸۶۳/ع۹۴۰)