اعتبر تجمع العلماء المسلمین فی بیان تعلیقا على ما تناقلته بعض وسائل الإعلام عن قرب تنفیذ حکم الإعدام بالشیخ نمر باقر النمر "إن الأمة الإسلامیة التی أرادها الله عز وجل أن تکون خیر أمة أخرجت للناس وأن تکون أمة واحدة تقف صفاً واحداً فی وجه أعدائها تتعرض الیوم لانتکاسة کبیرة على صعید وحدتها وتضییع مسارها الطبیعی فی السعی لتحریر فلسطین من خلال مؤامرة صهیوأمیرکیة، ما یفرض على حکام الدول الإسلامیة وعلمائها التنبه إلى هذا الخطر وعدم الوقوع فی فخ الفتنة التی لا یستفید منها إلا عدوها وخاصة العدو الصهیونی".
واضاف البیان: "إن مشهد الاقتتال الذی یحصل الیوم فی أکثر من بلد إسلامی هو دلیل على الانسیاق وراء المشروع الفتنوی ما یوجب علینا کعلماء أن ننبه الأمة له، ولذلک دعونا وندعو دائماً لحل المشاکل فیما بین البلدان الإسلامیة إنطلاقاً من الحوار والإصلاح لا من خلال الحرب والاقتتال".
ورأى التجمع "إن الاستمرار فی اعتقال الشیخ نمر باقر النمر والإصرار على تنفیذ حکم الإعدام الصادر بحقه یشکل خطراً کبیراً على المجتمع فی المملکة العربیة السعودیة وهو باب لفتنة لن تکون فی مصلحة المملکة، لذلک فإننا ندعو إلى الإسراع فی إطلاق سراحه حرصاً على وحدة الشعب وصیانة للسلم الأهلی فی المملکة، ذلک إن ما کان یطالب به سماحة الشیخ إنما یأتی فی سیاق المطالب السیاسیة المحقة لجزء من المجتمع السعودی یشعر أن حقه فی العیش الکریم والمشارکة فی الحیاة السیاسیة العامة مسلوب، ولا بد من إعطائهم هذا الحق الذی یُعتبر طبیعیاً وتقره کل الشرائع الدینیة وحقوق المواطنة"، معتبرا إن إطلاق سراح الشیخ نمر باقر النمر سیبعد السعودیة عن فتنة هی بالغنى عنها فی هذه الظروف الصعبة والاستثنائیة.