وقد بارك الشيخ قيس الخزعلي للشيخ همام حمودي تسنمه رئاسة المجلس الأعلى، متمنيا له التوفيق في تأدية مهامه. كما أكد الشيخ الخزعلي في حديثه على: "ضروة الحفاظ على الهويةِ العراقيةِ والوقوفِ ضدَ الهجماتِ الثقافيةِ والفكريةِ والعملِ على ترسيخِ روحِ المواطنة".
وعن مشروع انفصال الإقليم أشار الشيخ الخزعلي الى أن: "الانفصال حلم قديم مضى على تحقيقه زمن، وهو مشروع سياسي فات وقته، فقد كان من التخطيط حدوثه في وقت مبكر، ولربما كان ذاك الوقت أكثر مناسبا من الوقت الحالي، فيومها كان العراق أكثر ضعفا من الناحية السياسية والعسكرية، وكانت أجزاء كبيرة من أرضه محتلة، وما إثارة موضوع الانفصال إلا محاولة تدارك من قبل القيادة السياسية في الإقليم، في وقت لاتتوافر فيه فرصة مناسبة لتحقيق أطماعهم، وهم يظنون في حساباتهم أن الوضع سيكون أكثر صعوبة بعد انتهاء داعش، ولكني أعتقد أن العراق الآن قويا وبإمكانه إفشال هذه المحاولة".(۹۸۶۳/ع۹۴۰)