این دبیرخانه با هدف اجرایی کردن تفاهم نامه سه‌جانبه منعقده بین وزارت کشور، وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و پژوهشگاه حوزه و دانشگاه و در راستای تحقق مأموریت‌گرایی و تمرکز دانشگاهها و مراکز پژوهشی بر مسائل و نیازهای اساسی کشور راه‌اندازی شده است.
براساس این ماموریت، پژوهشگاه حوزه و دانشگاه - در کنار رسالت اصلی خود که اهتمام به اسلامی‌سازی علوم انسانی از طریق انتشار قریب به هشتصد عنوان کتاب و نیز مقالات علمی و پژوهشی بسیار است، - وظیفه ورود به حوزه حل مسائل اجتماعی و پاسخگویی به نیازهای اساسی جامعه را براساس تجربیات پژوهشی و میدانی ارزشمند خود، عهده دار می شود و نقش مرجع پشتیبانی مطالعاتی و پژوهشی در زمینه ساماندهی مسائل فرهنگی و اجتماعی حاشیه‌نشینی در کلانشهرهای کشور را ایفا خواهد نمود.